Tartu ajalugu tunneb õige mitut Maarja kirikut. Esimene neist asus praeguse ülikooli peahoone kohal, teine pühitseti 1842. aastal Tartu kihelkonna kirikuks ning kolmas kerkis 1899. aastal katoliku koguduse jaoks. 

Neist esimene, nn. vana Maarja kirik ehitati 14. sajandil Tartu linna saksakeelsele kogudusele. 1525. aastal sai sellest luterlik kogudus. Liivi sõja ajal nimetas hertsog Magnus vana Maarja kiriku Liivimaa kuningriigi peakirikuks, kuid peale otsuse sellest rohkem midagi ei tulnud, sest kuningriigist ei saanud asja ja koguduse liikmed kas tapeti või küüditati Moskvasse. Liivi sõja lõpuks oli kirik jäänud tühjaks ning seda kasutati laona. Poola ajal kasutasid vana Maarja kirikut jesuiidid ja Rootsi ajal korraga nii Rootsi garnison, väike rootsi-soome kogudus kui ka vastavatud Tartu ülikool. Osa õppetööst toimus kiriku kooriruumis. Kui jälle sõda tuli, peideti kiriku alla hauakambritesse ülikooli arhiiv, raamatukogu ja trükimasinad. Alles 30 aastat hiljem toodi need sealt välja. Vahepeal oli kirik põlenud nii, et kelladki tornist alla kukkusid. 

1704. aasta juunis tabas kahe nädala jooksul vana Maarja kirikut üle 50 pommi. Neist üks sadas kirikusse hetkel, mil kirikuõpetaja oli altaris ning jagas armulauda. Põhjasõja lõpuks olid Maarja kirikust alles vaid varemed. Selle telliskive kasutati Püssirohukeldri ehitusel. Saksa kogudus kolis eestlaste juurde Jaani kirikusse. Aga kui linn hakkas kasvama, jäi Jaani kirik kahele kogudusele kitsaks. 

Pärast aastakümnete-pikkust arutelu asuti Tartus uue kiriku ehitusele. Kõigepealt püstitati torn, mis aga õnnetuseks kohe ka ümber kukkus. Paljud pidasid põhjuseks seda, et hoone nurgakivi pandi ilma õnnistamiseta. Ehitus venis ja uus Tartu Maarja kirik saadi valmis alles 1841. aasta lõpul ning pühitseti sisse 11. jaanuaril 1842. 

Saksakeelne linnakogudus jäi edasi Jaani kirikusse ning eestikeelne Tartu kihelkond leidis uue kodu vastvalminud Maarja kirikus. Nii oli see kokku lepitud ja alla kirjutatud juba enne kiriku ehituse algust. 

Kõige kaunimad, vähemasti väliselt toredamad aastad Tartu Maarja koguduse elus jäid 19. sajandi teise poolde, mil Tartus kasvas jõudsasti eestlaste kogukond ning kogudust teenis õpetaja Adalbert Hugo Willigerode. 

Köster Adam Luig pani aluse koolile, mis hakkas ette valmistama koolmeistreid. Willigerode ütles, et „Koolid on kiriku rattad. Mis sa sest saad, kui sa ka kuldvankris istud ja vanker on ilma ratasteta?“ Loomulikult lähtus see pühakirja tõest, et Jumala kartus on tarkuse algus. Willigerode ise oli koolmeistri poeg, õieti Tallinna gümnaasiumi ülemõpetaja poeg ja lisaks Kambja köstri Ignatsi Jaagu pojapoja tütrepoeg. 

Ta oli varem teeninud Kaarma kogudust Saaremaal ja Karula kogudust Võrumaal. Tartusse saabudes hakkas Willigerode toimetama ajalehte „Tallorahwa Postimees“. Väägvere puhkpilliorkestril oli 4 pilli, kuid Willigerode abiga sai neid peagi 18 ja orkester kogus kuulsust. Willigerode korraldas vabas õhus laste jumalateenistusi rohke laulu, pillimängu, rongkäikude ja tuhandete osavõtjatega, ükskord isegi 15 000 osavõtjaga. Koguduse laulukoori juhatas Willigerode ise. Iga kord, kui koor jumalateenistusel laulis, oli taktikepp tema käes. Tänaseski kiriku lauluraamatuski on kümme laulu, mille sõnad on loonud Adalbert Hugo Willigerode. 

Pole siis ime, et just Willigerodest sai 1869. aastal Jannseni idee elluviija, Eesti esimese üldlaulupeo praktiline korraldaja. Laulupeo peaproov peeti siinsamas Tartu Maarja kirikus. 

See oli kiire kasvu aeg. Kõik läks justkui ülesmäge. Kasvas linn ja kasvas kogudus. Laulupeol sündis mõte lahutada hiigelsuurest Maarja kogudusest iseseisev eesti linnakogudus. Selsamal 1869. aastal sai mõte ka teoks ja Tartusse asutati Peetri kogudus. 

Tartu ülikool tunnustas Willigerode teenimistööd audoktori tiitliga.

1885. aastal jätkas Adalbert Willigerode tööd tema poeg Paul Willigerode. Auväärt Valgepea, nagu Adalbert Willigerodet tunti, jäi poja kõrvale veel tükiks ajaks kuni ta 1893. aastal Tartu Maarja surnuaiale kanti. 

Maarja kogudus kasvas edasi ka pärast Peetri koguduse eraldamist. See viis 1910. aastal taas uue eesti linnakoguduse, seekord Pauluse koguduse asutamiseni. 

Neli aastat hiljem lahkus Paul Willigerode Tartust ja asus Moskva superintendendi ametisse, kust ta paraku kommunistide vangistusse sattus ja seal õnnetu otsa leidis. 

20. sajand kujunes tervele Tartu Maarja kogudusele kannatusterohkeks. 1941. aasta juulikuus vahistasid kommunistid koguduse õpetaja Aksel Vooremaa ja tapsid ta Tartu vanglas. Neli päeva hiljem, 12. juulil 1941 pommitasid taganevad Vene väed Tartu linna. Õhtupoolikul tabas süütemürsk Maarja kirikut. Torn põles kui küünal. Koos kirikuga hävisid tules ka pastoraat, leerimaja ja palju väärtuslikke dokumente ja esemeid. Muuhulgas põles kirikusse sisse ka urn kirjanik Andres Saali tuhastatud põrmuga. Tema tuhk korjati küll hiljem kokku, kuid see on segatud Maarja kiriku põlemise tuhaga. Ainult pool aastat jäi puudu kiriku sajandast aastapäevast. 

Esialgu pidas Maarja kogudus jumalateenistusi Jaani kirikus, kuid ’44. aastal põles ka see. Edasi kolis kogudus ülikooli kirikusse, kuid ’48. aastal see suleti. Seejärel võttis kogudus kasutusele taastatud kogudusemaja Õpetaja tänaval. Pärast kahte esimest jumalateenistust võeti seegi ära kui „peremeheta vara“ ning kogudus võttis suuna Peetri kirikusse. Sisuliselt jätkas Maarja kogudus iseseisvat tegevust oma õpetaja oma liikmeskonna ja oma jumalateenistustega, kuid vormiliselt oli nõukogude ajal tegemist Peetri koguduse hulka kuuluva Maarja pihtkonnaga. 

Peetri kirikus teenisid kogudust Villem Tubin, siis Richard Sisask ning viimaks Otto Tallinn – eriti viimane oli väga lugupeetud mees Tartu linnas. 

Oma kirikust võis kogudus vaid unistada. Põllumajandusakadeemia ehitas varemed ümber spordisaaliks, lammutas kiriku torni ja lisas küljele juurdeehituse. Kui 1995. aastal tuli kogudust teenima Villu Jürjo, muutus kiriku tagastamise küsimus tuliseks võitluseks, mis alles 2008. aastal pühakoja tagastamise näol lahenduse leidis. Kuid pikem teekond ehk kiriku taastamine võis alles alata. 

1997. aastal kolis Maarja kogudus Peetri kirikust Õpetaja tänavale oma majja, kusjuures tänavale, mis oma nime sai just Maarja koguduse õpetaja järgi. Saksa keeles oli see Pastorenstrasse. Väike ruum on küll õdus ja soosib perekondlikku õhkkonda, kuid unistus oma kirikust on jätkuvalt silme ees. Eesti üldlaulupidude juubel andis omakorda hoogu ja kui Jumal lubab, siis näevad tartlased peagi ka taastatud Maarja kirikut.  

2